Congé maladie dans la fonction publique : niveau et modalité de prise en charge

Les agents publics peuvent bénéficier de plusieurs types de congés maladie selon la gravité et la durée de la pathologie. Les trois principaux dispositifs d'arrêts de travail sont :

• le congé maladie ordinaire (CMO) ;

• le congé longue maladie (CLM) ;

• le congé longue durée (CLD).

Il existe également d'autres congés maladie dans la fonction publique tels que les arrêts pour accident de travail, maladie professionnelle ou inaptitude physique. L’ensemble de ces congés sont soumis à des règles spécifiques mentionnées dans le Code de la fonction publique.

Les contours de la notion de congé maladie ordinaire (CMO)

Le congé maladie ordinaire (CMO) concerne les fonctionnaires qui sont dans l'impossibilité d'exercer leur emploi en raison d'une maladie non professionnelle. Il faut pour cela que la pathologie ou l'accident ne soit pas survenu sur les heures de travail.

Le CMO est le type de congé maladie le plus courant. Le droit à ce congé est ouvert dès lors que la maladie est attestée par un médecin via un certificat médical. Il ne peut être prononcé que pour une durée maximale d'un an sur une période de douze mois consécutifs.

L'agent public perçoit la totalité de son traitement durant les trois premiers mois. Les diverses primes et indemnités continuent d'être versées par l'administration. Passé ce délai, la rémunération est réduite à la moitié du traitement pour les neuf mois suivants. Ces différents délais sont appréciés sur une période de 12 mois glissants.

Le congé longue maladie (CLM) en cas d'invalidité

Les fonctionnaires souffrant d'une affection requérant des soins prolongés, d'un caractère invalidant et de gravité confirmée sont positionnés en congé de longue maladie (CLM). Ce congé est attribué sur avis d'un comité médical. Il peut être octroyé de manière fractionnée pour permettre le traitement périodique de certaines pathologies.

La durée du CLM est de 3 ans maximum. Il est renouvelable par période de 3 à 6 mois. Un agent en CLM peut bénéficier du maintien de son salaire à plein traitement pendant 1 an. Avant la réforme de la protection sociale complémentaire (PSC), la rémunération était réduite à un demi-traitement les années suivantes.

Le décret n°2024-641 du 27 juin 2024 fixe de nouvelles règles d'indemnisation. À partir du 1er septembre 2024, un fonctionnaire pourra prétendre à 33 % des primes et indemnités et 100 % du traitement indiciaire la première année. Les années suivantes, la rémunération baissera à 60 % du traitement et des indemnités.

Un CLM peut intervenir à la suite d'un congé maladie ordinaire si l'état de santé du fonctionnaire ne s'améliore pas. À noter aussi qu'après 1 an de congé longue maladie, l'agent peut opter pour un congé de longue durée, sous réserve de remplir les conditions requises.

Le congé longue durée (CLD) en cas de maladie grave

Le congé longue durée (CLD) est accordé aux fonctionnaires confrontés à des maladies graves nécessitant un traitement prolongé. Ces maladies sont généralement de nature incurable ou d'une durée supérieure à 1 an.

Les maladies ouvrant droit à ce congé longue durée sont définies par arrêté ministériel. Elles incluent notamment le cancer, le déficit immunitaire grave et acquis, la maladie mentale, la tuberculose et la poliomyélite.

Selon les dispositions statutaires, le CLD peut être attribué pour une durée de trois ans. Il est renouvelable jusqu'à cinq ans. Il convient de noter que l'avis d'un comité médical est indispensable pour bénéficier de ce congé maladie.

Durant les trois premières années du congé longue durée, le fonctionnaire perçoit intégralement son traitement indiciaire. Celui-ci est calculé selon un indice majoré. Sa rémunération passe ensuite en demi-traitement pour les deux années suivantes.

Les autres types de congés maladie au sein de la fonction publique

Outre le CMO, le CLM et le CLD, il existe d'autres types d'arrêts maladie pour les agents publics. On peut citer le congé pour accident de travail ou maladie professionnelle, le congé pour inaptitude physique et le congé de grave maladie.

• Le congé pour accident de travail ou maladie professionnelle est accordé lorsque l'agent est victime d'un accident ou d'une maladie imputable au service. Le régime de prise en charge de figure aux articles L.822-18 et suivants du Code général de la fonction publique.

• Le congé pour inaptitude physique est attribué lorsque l'agent n'est plus en mesure d'exercer ses fonctions à cause d'un handicap ou d'une invalidité. Il peut alors faire l'objet d'un reclassement pour inaptitude par l'administration.

• Le congé de grave maladie (CGM) concerne uniquement les contractuels atteints d'une maladie grave (potentiellement mortelle). Ce congé permet une meilleure prise en charge et un soutien plus important durant les périodes difficiles.

Bon à savoir : Il convient de noter que chaque régime de congés est indépendant. Cela signifie que les droits aux congés maladie au sein de la fonction publique sont appréciés sans tenir compte de ce qui a été obtenu au titre d'un autre régime.

L'incidence du jour de carence sur les congés maladie

En cas d'arrêt maladie, vous n'êtes pas rémunéré lors du premier jour. Ce jour de carence se définit comme le premier jour de l'arrêt de travail d'un agent public. Ce premier jour de congé n'est pas rémunéré. Il s'applique aussi bien aux fonctionnaires qu'aux contractuels en congé maladie ordinaire.

Au-delà du traitement indiciaire, d'autres primes et indemnités ne sont pas versées lors du jour de carence. C'est le cas de l'indemnité de résidence, de la nouvelle bonification indiciaire et du supplément familial de traitement.

Cette règle est en vigueur depuis le 1er janvier 2018 avec la loi n° 2017-1837 de finances pour 2018. L'article 115 prévoit des exceptions à ce jour de carence. Parmi elles, on peut noter que les congés longue maladie, longue durée et grave maladie ne sont pas concernés.

Si un agent enchaîne deux arrêts pour la même maladie et qu'il ne reprend pas ses fonctions plus de 48 heures entre ces arrêts, le jour de carence ne s'applique pas lors du deuxième congé. Mais il faut pour cela que le médecin prolonge l'arrêt précédent.

L'impact du demi traitement sur la rémunération d'un agent public

Pour éviter le demi-traitement, certains recours existent. L'agent public peut envisager un temps partiel thérapeutique pour reprendre progressivement son activité. Dans ce cas, il a droit à une partie de son salaire et une indemnité journalière de la Sécurité sociale.

Une autre option consiste à souscrire une assurance maintien de salaire. Cette solution permet d'obtenir un complément de salaire en cas de maladie prolongée. Elle peut ainsi compenser la perte de revenus due au demi-traitement. Cette garantie est incluse dans les quatre couvertures santé de la mutuelle Mgéfi.

Enfin, il est possible de demander un reclassement pour inaptitude physique si l'agent n'est plus en mesure d'exercer ses fonctions. Bien que cette solution implique un changement professionnel important, elle permet de maintenir un traitement à plein temps.

À noter aussi que le congé maladie n'a pas d'impact sur la retraite ni les droits à avancement et promotion interne.

L'accord du 20 octobre 2023, en lien avec la réforme de la protection sociale complémentaire (PSC), apporte des modifications significatives en matière de congés maladie pour les agents publics. Ce texte est relatif à la protection sociale en matière de prévoyance des agents de la fonction publique d'État.

Les changements mis en place par cet accord interministériel visent plusieurs objectifs :

• améliorer le niveau d'indemnisation des fonctionnaires d'État placés en CLM.

• aligner les droits en CLM des ouvriers d'État sur ceux des agents fonctionnaires.

• améliorer les conditions d'accès aux congés maladie pour les agents contractuels en réduisant les conditions d'accès à 4 mois.

• augmenter le niveau d'indemnisation des contractuels en congé maladie ordinaire (100 % du traitement pendant 3 mois puis 50 % les 9 mois suivants).

• aligner les droits des contractuels en CGM sur ceux des fonctionnaires en CLM (100 % du traitement et 33 % des primes la 1re année puis 60 % du traitement et des primes les années suivantes).

Cet accord est un pas significatif vers une gestion plus équitable et plus efficace des congés maladie des agents publics d'État. Il contribue à une meilleure protection des agents publics, tant sur le volet santé que sur le volet prévoyance.

À son retour, le fonctionnaire peut reprendre ses fonctions antérieures. Il peut également bénéficier d'un aménagement de son emploi si nécessaire.

La procédure de reprise est réglementée et peut varier en fonction de la durée de l'arrêt. Par exemple, si l'arrêt de travail a duré moins de douze mois, l'agent peut reprendre ses fonctions sans vérification d'aptitude. En revanche, une reprise anticipée et une reprise après plus de douze mois d'absence requièrent une autorisation et un examen médical.

Il existe également des dispositifs pour préparer le retour et faciliter la reprise du travail. Il est notamment possible de demander l'aménagement du poste de travail. Un temps partiel pour raison thérapeutique est également envisageable sous certaines conditions.

Sachant qu'une inaptitude à reprendre ses fonctions antérieures peut donner lieu à un reclassement. Cette procédure vise à reclasser l'agent public sur un emploi approprié à son état de santé. En cas d'inaptitude à exercer tout type d'emploi, un départ à la retraite pour invalidité est envisageable après avis d'un conseil médical.